I forbindelse med grundlæggelsen og oprettelsen af Alt i Et Friskolen blev der i første omgang nedsat en bestyrelse for initiativgruppen. Denne bestyrelse fungerende indtil den første generalforsamling efter friskolens åbning,
den 27. august 2024.

På denne generalforsamling blev Alt i Et Friskolens første skolebestyrelse valgt. Skolebestyrelsen består af 7 bestyrelsesmedlemmer, som alle var en del af den oprindelse initiativgruppebestyrelse. Derudover blev der valgt 2 nye suppleanter.